‘Towards an archeological workflow for sedaDNA sample collection’ door Kadir Toykan Özdoğan, Fabricio Furni, Ivo Laros, Gertjan Plets, G en Arjen de Groot
Titel: ‘Towards an acrheological workflow for sedaDNA sample collection: methods and best practices for minimizing surface contamination”
Auteurs: Kadir Toykan Özdoğan, Fabricio Furni, Ivo Laros, Gertjan Plets, G en Arjen de Groot
Publicatiejaar: 2025
Publicatietype: article in volume
Abstract
SedaDNA is met succes teruggewonnen uit uiteenlopende contexten, waardoor onderzoekers paleo-ecologische vragen kunnen beantwoorden, zoals veranderingen in ecosystemen en klimaatschommelingen, evenals archeologische vragen die betrekking hebben op vroegere menselijke activiteiten, dieet, gezondheid en interacties met hun omgeving. Ondanks dit potentieel is de betrouwbaarheid van sedaDNA-gegevens sterk afhankelijk van correcte bemonsterings- en hanteringspraktijken. Contaminatie vormt een grote uitdaging binnen het onderzoek naar oud DNA en heeft een diepgaande invloed op de datakwaliteit en interpretatie. Daarom hebben talrijke studies het belang benadrukt van het minimaliseren van contaminatieniveaus.
Een belangrijke uitdaging is echter de implementatie hiervan in de dagelijkse archeologische praktijk, aangezien een gespecialiseerde DNA-expert niet altijd beschikbaar is. Deze studie stelt twee op maat gemaakte workflows voor van veelgebruikte sedaDNA-bemonsteringstechnieken, die zijn herontworpen voor archeologen zonder specifieke sedaDNA-expertise. We testen de effectiviteit van deze workflows in het veld.
Om deze protocollen te toetsen, hebben we kunstmatige DNA-contaminanten aangebracht op sedimentoppervlakken vóór bemonstering. Vervolgens evalueren we in hoeverre archeologen erin slagen oppervlaktecontaminatie te verminderen door het niveau van kunstmatig DNA dat wordt gedetecteerd te kwantificeren. Tot slot vergelijken we de resultaten tussen monsters die zijn genomen door archeologen met en zonder sedaDNA-expertise.
Onze resultaten tonen aan dat bestaande bemonsteringsprotocollen, wanneer ze licht worden aangepast aan de behoeften van archeologen, de oppervlaktecontaminatie aanzienlijk verminderen tot een niveau waarop DNA-extractie van hoge kwaliteit mogelijk is. Daarnaast suggereren onze bevindingen dat het subsamplen van sedimenten met minimale oppervlaktecontaminatie uit eerder verzameld materiaal haalbaar is, wat het potentieel benadrukt van gearchiveerde sedimentcollecties voor sedaDNA-analyse.